Наконец, последний пласт – философский. Умберто Эко вплетает в сюжет широкий круг теологичских и общефилософских проблем, волновавших в те времена монашество: извечный спор о богатстве и бедности (Вильгельм – францисканец, то есть относится к ордену нищенствующих монахов, которые по примеру своего основателя, святого Франциска Ассизского, отказывались от богатства, при этом сюжет романа разворачивается в богатой бенедиктинской обители), борьба с еретиками и споры о том, что такое ересь.
Монахи ведут дискуссию, был ли беден Христос (и даже дерутся из-за этого). Герои рассуждают, почему возникают еретики, кто такие «простецы», говорят о любви и страсти, о том, нужно ли заниматься исследованием мира. Одним из основных камней преткновения между героями является вопрос о смехе: от Бога он или от Дьявола. Смех – это проявление гордыни, праздное времяпрепровождение – или частица радости, которую даровал нам Господь.
В произведении много черт постмодернизма, прежде всего, интертекстуальность.